Biyolojik filtre veya biyofiltre, kapalı devre sisteminin (RAS) filtreleme kısmındaki önemli bir bileşendir. Biyofiltre, nitrifikasyon bakterilerini barındırır ve biyolojik nitrifikasyonun meydana geldiği birincil bölgedir. Nitrifikasyon bakterileri, balıkların ortama bıraktığı toksik olan amonyağı dönüştürler. Amonyağın azalmasına ve daha az toksik olan nitrit ve nitrata dönüştürülmesine yardımcı olur.